Tất cả sinh vật sống kể cả thực vật, động vật hoặc các vi sinh vật tham gia vào quy trình nuôi trồng đều phải là những giống thuần chủng (bản địa), không biến đổi gen để đảm bảo tạo ra được nguồn Thực phẩm thuần chủng, không biến đổi gen.

Bản chất thuốc diệt cỏ sau khi sử dụng không chỉ tích trong thực phẩm mà còn ngấm vào đất, hoà vào nước, không chỉ ô nhiễm nguồn nước bề mặt mà cả nước ngầm, sau đó tích tụ trong nguồn nước tưới/nước uống, tiềm ẩn nhiều nguy cơ gây bệnh hiểm nghèo. Vì vậy tuyệt đối trong quá trình nuôi trồng trên Vùng nguyên liệu không sử dụng thuốc diệt cỏ.

Thuốc trừ sâu tuy giúp diệt trừ sâu bọ, tăng năng suất cây trồng nhưng vô cùng độc hại. Nên trong nuôi trồng theo tiêu chuẩn hữu cơ, tuyệt đối không sử dụng thuốc trừ sâu. Thay thế bằng các thuốc trừ sâu sinh học được làm từ nguyên liệu tự nhiên kết hợp men vi sinh tiêu chuẩn.

Toàn bộ thực phẩm trong quy trình nuôi trồng hữu cơ đều phải tuân thủ không sử dụng phân bón hoá học, tránh gây ảnh hưởng đến cây trồng/vật nuôi, đất, nước….Thay thế bằng phân bón hữu cơ từ động vật thuần chủng hoặc phương pháp ủ vi sinh theo đúng tiêu chuẩn hữu cơ.

Khi sử dụng chất kích thích tăng trưởng thì chất kích thích tăng trưởng sẽ ngấm sâu vào bên trong các mô và tế bào động/thực vật. Khi ăn thực phẩm này, dư lượng chất kích thích tăng trưởng đi vào cơ thể rất từ từ, tích tụ lâu ngày sẽ gây rối loạn sinh lý và sinh hoá của cơ thể người, gây ra nhiều bệnh nguy hiểm… Vì vậy, trong quy trình nuôi trồng hữu cơ, tuyệt đối không sử dụng chất kích thích tăng trưởng.